Den Inhalt der französischen Gesamtausgabe kann man z. B. auf der französischen Wikipedia nachlesen:
Dan Cooper (Intégrale), N° 1
Le Triangle bleu
Le maître du Soleil
Le mur du Silence
Dan Cooper (Intégrale), N° 2
Opération Jupiter
Cap sur Mars
Duel dans le ciel
Dan Cooper (Intégrale), N° 3
Coup d'Audace
L'Escadrille des Jaguars
Le secret de Dan Cooper
Dan Cooper (Intégrale), N° 4
Les 3 cosmonautes
Fantôme 3 ne répond plus
Les acrobates du ciel
Dan Cooper (Intégrale), N° 5
Les Tigres de mer
Le mystère des soucoupes volantes
Panique à Cape Kennedy
Dan Cooper (Intégrale), N° 6
Les hommes aux ailes d'or
SOS dans l'espace
Ciel de Norvège
Les pilotes perdus
Dan Cooper (Intégrale), N° 7
Apollo appelle Soyouz
L'affaire Minos
Opération Jumbo
Crash dans le 135
Dan Cooper (Intégrale), N° 8
Azimut Zéro
Le canon de l’espace
Opération Cosmos 990
Programme F 18
Dan Cooper (Intégrale), N° 9
F-111 en péril
L'aviatrice sans nom
Pilotes sans uniforme
Navette spatiale
Dan Cooper (Intégrale), N° 10
Viking connection
Target
Silver Fox
Dragon Lady
Dan Cooper (Intégrale), N° 11
L'avion invisible
La vrille
Les pilotes fantômes
Dan Cooper (Intégrale), N° 12
L'otage du Clemenceau
Alerte sur le « Clem »
L'œil du tigre
http://fr.wikipedia.org/wiki/Dan_Cooper
Wenn Epsilon der französischen Ausgabe folgt, wovon auszugehen ist, finden sich in Band 3 also die langen Stories 7 - 9.
Dass sich die zu Dan Cooper-Stories umgearbeiteten Aquila-Stories nicht in der französischen Gesamtausgabe befinden, liegt natürlich schon daran, dass sie eben keine Dan Cooper-Stories sind. Zudem wurden die meisten davon wohl gar nicht auf französisch veröffentlicht.
Ich persönlich würde ja eine "Aquila"-Gesamtausgabe befürworten. In eine solche könnten dann zum Vergleich auch die umgearbeiteten Fassungen aufgenommen werden. Einer solchen Titanen-Aufgabe wird sich auf absehbare Zeit aber wohl kein deutscher Verlag stellen.