(1) Einige Monate nach dem Ende von Krakoa und der Niederlage von Orchis nähert sich Sheriff Paula Robbins in Alaska einer ehemaligen Orchis Sentinel Fabrik, die nun mit einem großen roten X gekennzeichnet ist. Sie wurde von Cyclops eingeladen und Beast begrüßt sie. Er entschuldigt sich, dass Cyclops sie nicht persönlich empfangen kann, aber er ist gerade mit dem Team auf einer Mission.
In Santo Marco nähert sich das Team bestehend aus Cyclops, Psylocke, Kid Omega, Juggernaut, Magik und Temper (ehemals Oya) gerade mit der Marauder, ihrem Jet, einem gut bewachten Ziel. Juggernaut und Magik bilden die Speerspitze, die anderen Folgen. Ziel ist es, Mutanten aus diesem Lager zu befreien.
Beast führt Chief Robbins weiter durch die Anlage und zeigt ihr den von Glob Herman betreuten Farmbereich. Chief Robbins erzählt, dass die Bewohner der angrenzenden Stadt Merle nicht alle begeistert von den neuen Nachbarn sind, zumal sie mit der Fabrik auch ihre Jobs verloren haben.
In Santo Marco sind die Betreiber der Anlage, ehemalige Mitglieder von Orchis, die gerade Wolverine sezieren ob des Angriffs der X-Men beunruhigt. Das Team kämpft sich durch die Anlage. Vor einigen Tagen hatte Cerebro hier sechs neue Mutantensignale registriert und Wolverine wurde losgeschickt, das Ganze zu untersuchen.
In Alaska fragt Robbins, warum die X-Men sich gerade hier niedergelassen haben und was ihr Plan ist. Beast erklärt, dass die Mutanten nach Krakoa eine neue Zuflucht brauchen und sich mit Alaska bewusst für einen unwirtlichen Ort entschieden haben. Die X-Men befreien Wolverine sind jedoch überrascht, als die neuen Mutanten sich als Erwachsene herausstellen und sie angreifen.
Beast stellt Chief Robbins den Heiler der Gruppe, Xorn, vor. Das Gespräch wird von Magneto unterbrochen, der der Frau gegenüber nicht gerade freundlich eingestellt ist. Er ist sichtlich gealtert, gelähmt und ohne Kräfte. Anders als Beast droht er der Frau und den Menschen, die Mutanten nicht herauszufordern.
Zwei Unbekannte, Mutter und Kind, die sich zu einer Gruppe namens 3K zählen, beobachten den Kampf zwischen den X-Men und den sechs neuen Mutanten. Sie sind sich im Klaren, dass die Neuen keine Chance haben, halten das Experiment aber trotzdem für gelungen und teleportieren sich mit den sechs davon.
Zurück in der Fabrik lehnt Wolverine eine weitere Beteiligung an Scotts Vorhaben ab und geht. Er ist nach Krakoa desillusioniert und glaubt nicht, dass ein friedliches, organisiertes Zusammenleben mit den Menschen möglich ist. Cyclops übergibt Beast einen abgetrennten Arm. Er soll untersuchen, wie es möglich ist, dass sich das X-Gen in erwachsenen Menschen manifestiert. Sie sprechen über den Besuch von Chief Robbins, den Beast trotz Magneto als positiv bewertet. Er fragt, ob er den riesigen eingefrorenen Sentinel, der über der Stadt steht, beseitigen soll. doch Cyclops denkt, dass er eine gute Erinnerung daran ist, was die Stadt ihnen schuldet.
(2) In San Francisco scheint ein obdachloser Mann, der sich vor Aliens fürchtet, seine Mutantenkräfte zu materialisieren. Tatsächlich taucht über der Stadt eine riesige Flotte von Ufos auf, die X-Men sind jedoch bereits vorort. Das Team teilt sich auf. Während Cyclops, Psylocke und Magik den Mutanten suchen, kümmern sich Kid Omega, Temper und Juggernaut um die Ufos. Sie nutzen Juggernaut als Geschoss und schaffen es augenscheinlich erfolgreich, das Mutterschiff zu zerstören.
Psylocke stellt jedoch fest, als sie eines der Aliens telepathisch untersucht, dass nicht hiervon real ist. Cyclops erkennt, dass der neue Mutant dahintersteckt. Er versucht ihn mit Worten zu beruhigen, was jedoch nicht funktioniert. Er gerät immer mehr in Rage und löscht sich dann selbst aus. In Wahrheit wollten die X-Men das aber nur die Öffentlichkeit glauben lassen, mit Hilfe von Illyana und Quentin haben sie den neuen Mutanten, Ben, zurück in ihre Basis gebracht. Beast soll herausfinden, was hinter diesen neuen, erwachsenen Mutanten steckt.
(3) Vanisher bringt gegen Bezahlung einen Angriffstrupp aus vier schwer gepanzerten Personen mit Tarnvorrichtung in die Fabrik in Alaska. Cyclops ist auf dem Weg in die Stadt und telefoniert mit Rogue. Er will sie überzeugen, von dem geplanten Angriff auf Graymalkin Industries abzulassen, doch sie lässt sich nicht überzeugen. Cyclops kontaktiert Beast und sagt, dass sie ihre Pläne nun beschleunigen müssen.
In der Stadt wird Cyclops von Chief Robbins begrüßt, allerdings auch von bewaffneten Truppen der Regierungsorganisation ONE. In einem Diner trifft er sich mit Agent Lundqvist, der es noch nicht verkraftet hat, dass Scott ihn vor dem ganzen Land blamiert hat. In der Fabrik spricht Magneto mit Temper. Sie haben deutlich untrschiedliche Ansichten zu Krakoa, das Gespräch wird jedoch unterbrochen, als Quentin sie kontaktiet.
Im Diner berichtet der Agent, das die Regierung nicht erfreut ist, dass die X-Men bis nach San Francisco reisen und nicht in Alaska bleiben. Scott erinnert ihn, dass die Fabrik kein Geschenk der Regierung war, sondern er vor Gericht gegen den Staat gewonnen hat. Dazu steht der Staat moralisch gesehen nach Orchis noch deutlich stärker in seiner Schuld.
In der Fabirk hat Quentin den bewusstlosen beast gefunden und teilt den anderen telepathisch mit, dass sie angegriffen werden. Psylocke kann telepathisch nichts wahrnehmen, vermutlich haben sie Psi-Schilde, doch Magik hat eine andere Idee, um sie zu orten. Im Diner zeigt der Agent Cyclops ein Video, das Schaulustige in San Francisco aufgezeichnet haben. Es ist das Gespräch zwischen Cyclops, Magik und Psylocke, wo sie über das Phänomen der neuen erwachsenen Mutanten sprechen. Die Öffentlichkeit ist aufgebracht, fürchtet gar eine Ansteckung mit Mutantengenen.
Magik nutzt ihre Magie, um die Eindringlinge zu orten. Juggenraut und Psylocke schalten sie anschließend schnell aus. Kwannon muss jedoch feststellen, dass das Ziel des Angriffs tatsächlich Cerebro war. Die Regierung will, dass die X-Men sich zurückhalten, doch Cyclops droht dem Agent, dass er froh sein kann, dass er in seinem Team Schwergewichte wie Juggernaut, Magik und Magneto unter seiner Kontrolle hält. Die X-Men könnten auch schnell zur Brotherhood werden.
Zwei der Eindringlinge erreichen Cerebro, doch Oya fängt sie ab. Es stellt sich heraus, dass sie zu ONE gehören. Magik teleportiert sich mit den Gefangenen zu Cyclops und sie übergeben die Agenten wieder ONE. Auf der Toilette des Diners hat Cyclops eine Art Panikattacke.
(4) Magik spielt mit einem Unbekannten Schach über ihr Handy. Idie kommt dazu und berichtet, dass sie eine neue Mission haben. Die Upstarts senden geraden eine Live-Übertragung. Trevor Fitzroy verspricht darin, die neuen Mutanten, die in letzter Zeit auftauchen, zu töten und das ganze live zu übertragen. Die X-Men haben jedoch bereits seinen Standort geortet, da Kid Omega und Psylocke versuchen, Ben telepathisch aus seinem Koma zu holen, sind sie unterbesetzt. Cyclops will, dass Beast Juggernaut, Oya und Magik begleitet, wovon Hank alles andere als begeistert ist.
In Detroit wird eine neue Mutantin bereits von den Upstarts verfolgt. Fotzroy hat die O-Force (Ocelot, Orbit und Orifice) rekrutiert, doch die X-Men greifen ein. Nach längerem Kampf müssen sich die Upstarts zurückziehen, doch Fitzroy ist trotzdem zufrieden. Das Image der Mutanten wird durch den Kampf nicht gerade besser. Im Hauptquartier der Upstarts berichtet Fitzroy seinem Auftraggeber, der nicht begeistert ist. Sugar Man wollte einen der neuen Mutanten zur Untersuchung haben, da er wissen will, wer hinter dieser Sache steckt.
Zurück in der Fabrik berichtet Beast Cyclops von der Mission. Sie haben die neue Mutantin namens Jennifer mit zurück gebracht. Illyana kehrt zu ihrem Schachspiel zurück. Ihr Gegenspieler ist Colossus an einem unbekannten Ort.
(5) Nach einem Treffen mit ihrem Liehaber Greycrow kehrt Psylocke in die Fabrik zurück. Gemeinsam mit Quentin soll sie in Bens Geist eindringen, der immer noch im Koma liegt. Bei der psychischen Rettungsmission erfahren sie von seiner Vergangenheit als Finanzberater und wie er entführt wurde. Er wurde an eine Art Maschine angeschlossen, die wohl sein X-Gen aktiviert hat. Sie erkennen, dass Cassandra Nova beteiligt war, doch ihr psychischer Abdruck in Bens Geist ist eine Falle. Nur gemeinsam gelingt es den beiden Telepathen aus Bens Geist zu entkommen. Sie berichten Beast und Cyclops, dass Ben erwacht ist. Eine Organisation namens 3K steckt hinter den neuen Mutanten, Cassandra Nova ist eine von ihnen. Sie haben einen Weg gefunden, die Aktivierung von X-Genen zu erzwingen.
(6) Vor der Fabrik in Alaska hat sich eine kleine Gruppen von Anti-Mutanten-Demonstranten versammelt. Kid Omega und Temper beobachten sie von oben. Idie erkennt, dass ein junges Mädchen das geheime Handzeichen der Mutanten verwendet. Das Team bespricht die aktuellen Erkenntnisse. Ben und Jennifer wird angeboten, in der Fabrik zu bleiben, was die beiden dankend annehmen. Beast vermutet, dass 3K daran arbeitet, den Prozess der Mutantengenaktivierung zu verfeinern. Magik will unbedingt eine Revanche mit den sechs aus Santo Marco.
Nach der Besprechung bitte Temper Magik um Hilfe mit der jungen Demonstrantin. Ohne es mit Cyclops abzusprechen, beschließen sie, in die Stadt zu gehen. Das Mädchen fühlt sich derweil sehr schlecht, da ihre Mutter eine extreme Mutantenhasserin ist. Magik lässt die Mutter einschlafen.
Während Psylocke und Cyclops trainieren, spricht Beast mit Magneto über seine Unsicherheiten bezügliche seines bösen Ichs und Magentos Gesundheitszustand. Vielleicht können Erkenntnisse über die neuen Mutanten dabei helfen, Magneto zu heilen. In der Stadt ist das Mädchen zunächst verschreckt, doch Oya kann sie überzeugen, mit ihnen zur Fabrik zu kommen. Cyclops ist wenig begeistert über den Alleingang, doch das Mädchen offenbart, dass sie glaubt, dass sie den Sentinel angelockt hat, der seitdem eingefroren vor der Stadt steht.
(7) Vor einigen Monaten sucht Cyclops neue Orientierung, nachdem Jean ins All aufgebrochen ist. Er ist nach Alaska gereist und trifft dort auf Magneto. Sie sprechen über die neue Situation und Magneto versucht, den demoralisierten Scott zu überzeugen, wie die Führung zu übernehmen. Sie werden unterbrochen, als ein wilder Sentinel angreift. Gemeinsam halten sie den Roboter auf, doch Magneto muss feststellen, dass er seine Kräfte nicht mehr richtig kontrollieren kann.
In der Gegenwart untersucht Hank das Mädchen, stellt jedoch fest, dass sie keine Mutantin ist. Obwohl Idie sich mit ihr angefreundet hat, bringt sie sie zurück zu ihrer Mutter. In der Nacht verwandelt sich die Hand des Mädchens kurzzeitig in eine Klaue. Magneto spricht mit Cyclops über seinen Zustand. Er vermutet, dass der Wiederbelebungsprozess von Krakoa etwas damit zu tun haben könnte, Cyclops ist skeptisch. Als Beast zu einem Treffen mit Chief Robbins in der Stadt ist, wird er entführt.